Scheikundestudenten UU zetten HPC Cloud aan het werk

Scheikundestudenten van de Universiteit Utrecht gebruiken de HPC Cloud-infrastructuur van SARA en BiG Grid om mutaties van hiv te simuleren. Dit is de eerste keer dat bachelorstudenten gebruik kunnen maken van deze Cloud-omgeving, waarbij een virtuele computer toegang geeft tot enorme rekenkracht en grootschalige dataopslag. De studenten hebben tot eind januari de mogelijkheid om op een realistische manier te experimenteren met de omvangrijke berekeningen van eiwitonderzoek.

Mutaties in hiv

De computerberekeningen zijn een onderdeel van het Utrechtse scheikundevak Molecular Modeling and Mathematics van prof. Alexandre Bonvin en vinden plaats op de door BiG Grid gefinancierde HPC Cloud-infrastructuur bij SARA. In de cursus proberen de studenten een huidige onderzoeksvraag te beantwoorden, namelijk hoe enkele mutaties in een eiwit van hiv het infectiegevaar van het virus kunnen beïnvloeden. Hele kleine veranderingen in een paar aminozuren van dit eiwit hebben al grote invloed op de infectie eigenschappen van dit virus.

Virtuele computer

Het voordeel voor de gebruikers van de HPC Cloud is dat ze toegang krijgen tot een virtueel computersysteem dat door henzelf flexibel en schaalbaar kan worden ingericht om aan hun specifieke eisen te voldoen. Deze geavanceerde rekenkracht is normaal niet beschikbaar voor studenten maar werd dankzij een BiG Grid-rekenbeurs opengesteld. Met de HPC-Cloud beschikken de studenten over krachtige faciliteiten waarmee zij binnen een paar weken een groot aantal mutaties in het virus tot op de moleculaire details kunnen simuleren. Op een gewone computer nemen dit soort berekeningen 100 keer zoveel tijd in beslag.

Meer informatie

Prof. Alexandre Bonvin, (030) 253 3859, a.m.j.j.bonvin@uu.nl.

Informatie over HPC Cloud: https://www.cloud.sara.nl/